论文查重软件通过对文本进行比对分析，主要通过检测文本中的重复内容、引用格式和语法结构等方面来区分合理引用和抄袭。对于合理引用，查重软件会将引用部分标记出来，并显示参考文献信息，以便读者核查原始来源。而对于抄袭内容，查重软件会检测到相似度较高的部分，并给出相应的报告，提示文档可能存在抄袭行为。例如，当论文中出现多个与已发表文献高度相似的段落，查重软件会将其标记为疑似抄袭，并提供原文对比，以帮助作者识别和修改。

在实际案例中，论文查重软件的作用不可忽视。许多高校和期刊都会使用查重软件来确保学术论文的原创性和学术诚信。通过查重软件，可以及时发现论文中存在的问题，避免因抄袭而受到惩罚，同时也保护了学术界的声誉和文献质量。因此，学术界对论文查重软件的使用越来越重视，也促进了这一领域的不断发展和完善。