为了保证知网查重系统对论文格式的兼容性，作者在写作论文时应该严格按照学术期刊的格式要求进行排版。首先，应当选择合适的论文模板，包括字体、字号、行间距、页边距等方面的设置。其次，注意参考文献的格式，包括文献引用的标准和排版要求。此外，对于插入的图片、表格等内容，也应当符合学术期刊的要求，以确保知网查重系统能够正确识别和检测论文内容。

除了论文格式的要求外，还需要了解知网查重系统的特点，例如对文本相似度的检测算法、支持的文件格式等。在上传论文进行查重时，应当选择常见的文件格式，如PDF、Word等，并确保文档内容清晰可读、结构完整。此外，还可以在上传前进行本地查重，以确保论文原创性和格式的完整性。通过以上方式，可以有效保证知网查重系统对论文格式的兼容性，提高查重结果的准确性和可靠性。