论文查重是指通过软件检测一篇论文与已有的文献或网络上的其他文献的相似度，主要用于学术领域的抄袭检测。而知网查重则是指使用知网等知识库进行查重，主要用于检测学术论文与知网数据库中的重复率。因此，论文查重更注重学术领域的文献重复检测，而知网查重则更注重知识库中的内容查重。

此外，论文查重通常需要上传待检测的论文文本，通过软件进行比对分析，而知网查重则是直接在知网等知识库中进行检索，无需上传文本。另外，论文查重工具通常会提供详细的查重报告，包括重复部分的具体位置和相似度分析，而知网查重则更注重整体文本的重复率，提供的结果相对简洁。